Op 13 september 2005 deed het EG Hof van Justitie uitspraak in de eerste zaak met betrekking tot de bevoegdheid van de Gemeenschap op het terrein van het strafrecht (zaak C-176/03, Commissie/Raad, milieustrafrecht). In zijn uitspraak vernietigde het Hof het kaderbesluit 2003/80/JBZ van de Raad inzake de bescherming van het milieu door middel van het strafrecht.
De Commissie had de keuze van de Raad bestreden om als grondslag van dit kaderbesluit bepalingen uit het EU-Verdrag te kiezen. Hiertoe had zij aangevoerd dat het doel en de inhoud van het kaderbesluit onder de bevoegdheden vallen van het EG-Verdrag op het gebied van milieu (met name artikel 175). Het Hof stelde de Commissie in het gelijk en oordeelde dat, nu de in het kaderbesluit geregelde materie op grond van het EG-Verdrag, de eerste pijler, had kunnen worden geregeld, de Raad het Gemeenschapsrecht had geschonden door in deze een kaderbesluit op grond van de derde pijler aan te nemen.
Over het gebruik van het strafrecht in de eerste pijler bracht de ICER in 2002 al eens een advies uit: 'Strafrecht en de eerste pijler' (ICER 2002-03/31). Dat eerdere advies, waarin werd geconcludeerd dat het gebruik van het strafrecht in de eerste pijler niet geheel uitgesloten was, maar wel met grote terughoudendheid moest worden benaderd, heeft ook ten grondslag gelegen aan het standpunt van de Nederlandse regering in de zaak C-176/03. De ICER heeft onderzocht welke gevolgen aan dit arrest van het Hof moeten worden verbonden voor het advies uit 2002, alsmede voor de Nederlandse onderhandelaars die geconfronteerd worden met voorstellen omtrent het gebruik van strafrecht in de eerste pijler.