Er zijn ten minste negen lidstaten nodig om onderling een nauwere samenwerking aan te gaan op een beleidsgebied in het kader van de niet-exclusieve bevoegdheden van de Unie. Zij moeten een verzoek aan de Commissie richten, met opgave van het toepassingsgebied en de doelstellingen van de voorgenomen nauwere samenwerking.
De NSP strekt er niet toe een “opt-out” te bieden aan een of meer lidstaten die zich niet kunnen vinden in een door de Unie vast te stellen specifieke maatregel.
De Commissie kan – maar is daartoe niet verplicht - vervolgens een voorstel voor een machtigingsbesluit bij de Raad indienen. Indien de Commissie geen voorstel indient, deelt zij de redenen daarvan mee aan de betrokken lidstaten.
De Raad besluit over nauwere samenwerking ‘in laatste instantie’. Hiertoe moet de Raad constateren dat de met de nauwere samenwerking nagestreefde doelstellingen niet binnen een redelijke termijn door de Unie in haar geheel kunnen worden verwezenlijkt. Deze onmogelijkheid kan te wijten zijn aan diverse oorzaken, zoals een gebrek aan belangstelling van een of meer lidstaten of de omstandigheid dat de lidstaten, hoewel ze allemaal geïnteresseerd zijn in de vaststelling van een regeling op het niveau van de Unie, het niet eens kunnen worden over de inhoud van die regeling. Als de vereiste meerderheid of unanimiteit dan niet wordt gehaald, kan de nauwere samenwerkingsprocedure worden gebruikt.
‘In laatste instantie’ veronderstelt dat een oplossing niet binnen afzienbare tijd kan worden bereikt. Er moet wel gezocht worden naar een oplossing. De belangen van de Unie en het integratieproces zouden immers niet worden gediend indien iedere vruchteloze onderhandeling kon leiden tot een of meerdere nauwere samenwerkingen met als gevolg dat niet wordt gezocht naar een compromis waarbij een regeling voor de Unie in haar geheel kan worden vastgesteld.
Uit de praktijk tot nu toe blijkt dat aan het begrip ‘in laatste instantie’ niet een duidelijk tijdskader kan worden gekoppeld. Zo oordeelde de Raad in de casus van het EU-eenheidsoctrooi dat het machtigingsbesluit ‘in laatste instantie’ werd vastgesteld, nadat onderhandelingen over dit onderwerp 10 jaar lang niet tot overeenstemming hadden geleid. In de NSP met betrekking tot echtscheidingen was de periode tussen het oorspronkelijke EU-brede Commissievoorstel en het voorstel voor een machtigingsbesluit korter, namelijk rond de 4 jaar. Het kortst was dit tijdsbestek in de casus van de FTT, waar er slechts een jaar zat tussen het oorspronkelijke EU-brede Commissievoorstel en het voorstel voor een machtigingsbesluit. Het EU-Hof toetst in de praktijk slechts marginaal aan de beoordeling van de Raad dat een machtigingsbesluit is ‘in laatste instantie’ is vastgesteld (zie bijvoorbeeld in de casus van het EU-eenheidsoctrooi de gevoegde zaken C-274/11 en C-295/11Spanje en Italië tegen Raad).
Voordat de Raad een besluit neemt, wordt het voorstel toegezonden aan het Europees Parlement (EP) voor goedkeuring. Het EP besluit met meerderheid van de uitgebrachte stemmen. In deze machtigingsfase heeft het EP niet de bevoegdheid het Commissievoorstel te wijzigen.
Na goedkeuring van het Parlement, kan de Raad met gekwalificeerde meerderheid van de deelnemende leden het machtigingsbesluit vaststellen.
Indien de nauwere samenwerking betrekking heeft op het Gemeenschappelijk Buitenlands en Veiligheidsbeleid (GBVB), wordt een iets andere procedure gevolgd (artikel 329, lid 2, VWEU). Tot nu toe is de NSP nog niet toegepast op dit gebied.